眾所周知，微波干燥機效率比其它干燥設備效率都高，效率高的原因主要來自兩個方面：1、是穿透性加熱讓加熱過程變得更為直接和短暫；2、水蒸汽的直排方式大大提高水汽的蒸發效果。
微波是一種電磁波，只要遇到極性分子，微波對物質進行波動性傳導并最終被物質所吸收。任何的物質都是由極性分子和非極性分子組成，在微波場的作用下，極性分子會隨著磁場的磁極的變化從原來的隨機分布狀態轉向按照電場的極性快速變化，這種變化運動以每秒24.5億次的頻率（以2450HMZ頻率微波為例）進行，造成分子的劇烈運動與摩擦碰撞，從而產生熱量，微波能直接轉化為介質內的熱能，使介質溫度不斷升高，這個是微波對物質加熱的基本原理。 微波穿透能力強，可使物料內外同時受熱。另一方面，由于微波不加熱空氣，不是傳導性加熱，沒有熱輻射損耗，比蒸汽加熱、遠紅外加熱節能30%以上。
水是一種極性很強的分子，在微波加熱的作用下，水能極快地吸收微波，把微波能轉化為熱能，在溫度達到60度以上時，水分子就開始汽化，形成水氣進行蒸發脫離其它物質，從而達到烘干其它物質的目的。
在水汽蒸發方面，由于采用微波烘干的物體內外同時受熱，物體內部的水蒸汽能在短時間內全部蒸發，同時由于烘干箱內沒有熱空氣，不需要考慮熱量損耗的問題，所以可以采用大功率風機直接把濕汽排走。
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